วันที่ 28 สิงหาคม พ.ศ. 2558[9] ได้มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้พลเอก ปรีชา ดำรงตำแหน่งปลัดกระทรวงกลาโหมแทนพลเอก ศิริชัย ดิษฐกุล ที่เกษียณอายุราชการโดยเริ่มดำรงตำแหน่งในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2558

ในขณะดำรงตำแหน่งปลัดกระทรวงกลาโหม พลเอก ปรีชา ได้มีคำสั่งบรรจุแต่งตั้งบุตรชายของตนเองเข้ารับราชการทหาร ซึ่งเป็นที่วิพากษ์วิจารณ์ถึงความเหมาะสมของการดำเนินการ[10]